O investigador Jan Svensson, recentemente integrado numa ação de knowledge transference na equipa de investigação da EU Marie Curie Chair, desenvolve a sua investigação na área da bioinformática no âmbito do projeto IAPP (Marie Curie Industry-Academia Partnerships and Pathways) intitulado “A functional marker of commercial AMF isolates for sustainable agriculture”, o qual é coordenado pela Prof.ª Birgit Arnholdt-Schmitt.
Paralelamente ao seu trabalho de investigação, Jan é responsável pela formação dos membros da equipa em matérias de bioinformática e genética. O projeto em que se encontra inserido decorre em parceria com uma empresa Alemã INOQ GmbH, onde o investigador organizou um workshop lecionando vários conteúdos na área da bioinformática, nomeadamente nas ferramentas disponíveis para identificação de variações no DNA (polimorfismos) que possam ser aplicadas ao desenvolvimento de marcadores funcionais.
Adicionalmente o investigador foi encorajado pela Prof. Birgit a estabelecer contato com investigadores de informática na Universidade de Évora de modo a desenvolver, colaborativamente, ferramentas de resolução de problemas de bioinformática.
Com o Prof. Paulo Quaresma e a Prof.ª Teresa Gonçalves está a ser desenvolvido um sistema que permite a deteção em simultâneo dos polimorfismos denominados por InDels (inserções/deleções) e SNPs (single nucleotide polymorphisms – polimorfismos em apenas um nucleótido). Esta ferramenta terá uma grande aplicação uma vez que os softwares disponíveis são limitantes no que se refere à deteção de grandes InDels, e permitirá trabalhar com dados provenientes de sequenciação utilizando Sanger e Next Generation Sequencing (NGS).
Na ótica da resolução de problemas de grande escala, e também impulsionado pela Prof. Birgit, iniciou uma colaboração com a equipa coordenada pelo Prof. Salvador Abreu visando a utilização de técnicas de paralelização implícita e massiva, que aplicam algoritmos de resolução de restrições ("constraints"), recorrendo a um híbrido entre técnicas exaustivas e pesquisa local, o que permite lidar com conjuntos de dados de grande dimensão. Ainda neste âmbito, será utilizado o cluster de máquinas paralelas a ser instalado em 2013, no âmbito do programa INALENTEJO.
Nesta colaboração surgiu a ideia de desenvolver na Universidade de Évora um programa de formação, ligado ao Competence Focus AGRO-BIOTECH-AOX, em bioinformática e genómica que deverá contar com o apoio do investigador.
No grupo da EU Marie Curie Chair, o investigador é ainda o responsável pela organização do evento conhecido por “Journal Club”, o qual foi bem recebido por todos os membros, consistindo na discussão semanal de um artigo científico de elevado interesse.
Cátedra EU Marie Curie